近几年的各类先进不锈钢发酵罐都安装了磁偶合搅拌器，采用磁偶合使得罐体内外没有了直接的轴连接，进一步的去减小了污染率。采用直流电机，可以实现无级变速，这点对于动物细胞的培养来说尤其重要，慢速的起停减小了对细胞的伤害。对于一些较大的不锈钢发酵罐系统，由于功率的需要，多采用变频交流电机控制转速，细菌墙养罐转速大。
    不锈钢发酵罐搅拌电机大多数的都安装在罐体轴线上，居多的都是位于顶部，但由于搅抖电机和顶盖的重量加大，必需增加一套顶盖的提升系统，搅拌轴一般从罐顶伸入罐内，对容积很大的不锈钢发酵罐,也可采用下伸轴搅拌电机安装在罐底，伸轴式装置可使不锈钢发酵罐重心降低，轴的长度缩短，稳定性提高。不锈钢发酵罐操作面的传动噪音也可人为降低。而且罐顶空问可充分用来安装其它部件。
    一些中小型的不锈钢发酵罐为了省去罐体顶盖提升系统也采用下伸轴，但是下伸轴的使用，对轴封的要求更为严格，不易清洁，检修也增加了一些难度。有的不锈钢发酵罐采用了偏心安装转轴，可以有效地避免产生漩涡和底部沉积。